Od 1968 roku prof. Jan Pyrcz związany jest z Instytutem Technologii Mięsa Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu. Rozpoczął w nim pracę jako asystent w Katedrze Technologii Mięsa, ówczesnego Instytutu Technologii Żywności Pochodzenia Zwierzęcego, którym kierował wtedy prof. Wincenty Pezacki. W Instytucie pracował kolejno na stanowiskach: adiunkta od 1973 roku, docenta - od 1984, profesora nadzwyczajnego - od 1989. W roku 1999 uzyskał tytuł profesora a w 2009 profesora zwyczajnego. Na przełomie lat 1978/80 odbył staż naukowy w jednym z wiodących europejskich centrów naukowo-badawczych, tj. w Federalnym Instytucie Przemysłu Mięsnego w Kulmbach (Niemcy) pod kierunkiem wybitnego specjalisty z zakresu technologii mięsa profesora R. Hamma. Tam też miał wyjątkową możliwość pogłębienia swoich kwalifikacji zawodowych w tym praktycznej znajomości stosowania nowoczesnych metod analitycznych oraz poznania najnowocześniejszych trendów w nauce o mięsie i technologii jego przetwarzania.
Do dorobku naukowego prof. Jana Pyrcza należy 236 pozycji, w tym 80 to oryginalne prace naukowe z których 24 zostały opublikowane w renomowanych czasopismach międzynarodowych znajdujących się na liście filadelfijskiej. Opublikowane przez prof. Pyrcza prace były niejednokrotnie cytowane w literaturze krajowej i zagranicznej.
W swojej działalności naukowo-badawczej zajmował się rozwiązaniem problemów z zakresu szeroko pojętej technologii i chemii mięsa. Całokształt dorobku naukowego prof. Jana Pyrcza sprowadza się do zagadnień związanych z technologicznymi uwarunkowaniami produkcji, głównie wędlin surowych, wędlin parzonych, wędlin podrobowych oraz konserw, a wykonane prace naukowe z tego zakresu posiadają charakter poznawczy jak i często technologiczno-zastosowawczy.
Realizowana przez Profesora tematyka badawcza związana z produkcją i dojrzewaniem wędlin surowych stanowiła dalszą kontynuację badań Instytutu nad biofizykochemicznymi zagadnieniami fermentacji wędlin surowych, jaki i możliwościami technologicznego sterowania dynamiką ich przemian. Prace z tego zakresu pozwoliły na szczegółową analizę kierunków przemian jakim ulegają cukrowce i identyfikację większości zasadniczych produktów ich fermentacji podczas produkcji i przechowywania (dojrzewania) wędlin surowych. Poza tym prace te ilustrują funkcjonalną rolę węglowodanów w technologii produkcji wędlin surowych.
Konsekwencją zaplanowanych eksperymentów dotyczących przemian węglowodanów w procesie wytwarzania wędlin surowych było ocenianie przydatności kilku metod oznaczania alkoholi, a następnie zaadoptowanie w oryginalnej wersji analitycznej metody oznaczania niezidentyfikowanych jeszcze spośród produktów fermentacyjnych przekształceń węglowodanów w wędlinach surowych takich związków chemicznych jak alkohole: metylowy i etylowy.
Drugim zasadniczym kierunkiem zainteresowań profesora Jana Pyrcza były wybrane zagadnienia z zakresu technologii produkcji wędlin parzonych drobnorozdrobnionych, a ściślej problem stosowania w ich składzie recepturowym roślinnych lub zwierzęcych zamienników białka tkanki mięśniowej oraz zamienników tłuszczu zwierzęcego. Podkreślić tu należy, że przedmiotem badań było m.in. białko rzepaku oraz białko glutenu pszenicy. W pracach tych wykazano funkcjonalne właściwości tych białek, jak również technologiczne możliwości ich wykorzystania w produkcji kutrowanych kiełbas parzonych. Z przedmiotowym zagadnieniem związane jest również opracowanie ilustrujące możliwość wykorzystania mięsa poekstrakcyjnego, tj. ubocznego produktu technologii stosowanej w przemyśle koncentratów spożywczych, do produkcji kiełbas parzonych z uwzględnieniem wpływu jego udziału w składzie recepturowym na wyróżniki sensoryczne finalnych produktów. W ostatnim okresie czasu zainteresowania i prowadzone przez prof. Pyrcza badania są ukierunkowane na produkcję nowych asortymentów wyrobów mięsnych głównie kutrowanych kiełbas parzonych oraz fermentowanych kiełbas surowych typu “Salami” z udziałem prozdrowotnych składników i substancji niemięsnych: pro- i prebiotyków, wielonienasyconych kwasów tłuszczowych z grupy n-3 i n-6. Pracami tymi szczególnie zainteresowane są zakłady przetwórcze, pragnące rozszerzyć swój asortyment o grupę produktów o znamionach żywności prozdrowotnej.
Prof. Jan Pyrcz ma ogromny dorobek organizacyjny. Współorganizuje i prowadzi wykłady na różnego rodzaju kursach szkoleniowych dla pracowników przemysłu mięsnego, lekarzy weterynarii oraz dla firm produkcyjno-handlowych specjalizujących się w produkcji oraz dystrybucji dodatków niemięsnych dla przemysłu mięsnego. Jest on autorem i współautorem szeregu norm zakładowych na nowo powstałe wyroby mięsne, ekspertyz, instrukcji technologicznych. Współtworzył projekty technologiczne budowy nowych lub modernizacji już istniejących obiektów przetwórczych. Pod kierunkiem prof. Pyrcza zostało wykonanych do chwili obecnej 106 prac magisterskich oraz 27 inżynierskich. Poza tym jest on promotorem czterech zakończonych prac doktorskich.
Obecnie Jan Pyrcz bierze udział w pracach Rady Naukowej Muzeum Rolnictwa i Przemysłu Rolno-Spożywczego w Szreniawie. Zasiada jako członek jury konkursów: „Technolog Roku” w zakresie wiedzy z technologii mięsa oraz ogólnopolskiego Konkursu Wędliniarskiego, który odbywa się podczas targów POLAGRA FOOD w Poznaniu. Jest także członkiem Komitetu Wielkopolskiej Nagrody Jakości. Od szeregu lat współpracuje z czasopismami: Gospodarka Mięsna, Mięso i wędliny, Kalejdoskop Mięsny.